DU en analyse de données omiques : lequel choisir ?

L’Université de Paris propose deux Diplômes Universitaires organisés par Paris Diderot et qui développent, sous des angles et modalités différents, des compétences en analyse bioinformatique et statistique de données à haut débit.

  • DUO : Diplôme Universitaire en « Création, analyse et valorisation de données biologiques omiques »
  • DUBii : Diplôme Universitaire en Bioinformatique Intégrative (partenariat Université de Paris- Institut Français de Bioinformatique)

Le tableau ci-dessous synthétise les principales caractéristiques de ces deux formations diplômantes.

 

  DUO DUBii
Objectifs (*) Organiser, analyser et valoriser un projet scientifique reposant sur des analyses bioinformatiques et statistiques de donnéees haut débit Acquérir de fortes compétences bioinformatiques en vue d’une évolution voire d’une reconversion professionnelle
Prérequis
  • Première expérience en analyse de données omiques (Galaxy ou autre environnement)
  • Culture minimale en informatique
Avoir suivi une première formation ou autoformation  en informatique ou analyse de données, aboutissant à une réelle primo-expérience en informatique (Unix ou R ou un langage de programmation)
Durée de la formation

180h (hors travail personnel)

Octobre à juillet (2 jours par mois pendant 10 mois)

  • 90 h de cours et travaux pratiques
  • 90h de mise en situation et projet

268h (hors travail personnel)

Mars

96 h (4 semaines) Cours et travaux pratiques

32h distanciel

Avril à Juin

140 h (20 jours) Projet tutoré

Fin juin

Soutenance du projet tutoré (2 jours)

Technologies de production de données
  • NGS (applications génomique et transcriptomique)
  • protéomique
  • NGS
    • Génomique
    • Transcriptomique
    • métagénomique
  • protéomique
Contenus de formation
  1. Plan d’expérience et génération de données omiques (18h)
  2. Gestion de données expérimentales et reproductibilité des analyses (18h)
  3. Outils statistiques avec R (18h)
  4. Automatisation du processus d’analyse de données (18h)
  5. Présentation et valorisation des résultats pour publication (18h)
  6. Mise en situation et projet personnel (90h)
  1. Environnement Unix (18h)
  2. Python (15h)
  3. Analyse statistique  avec R (18h)
  4. Technologies de production de données (18h)
  5. Méthodes et outils bioinformatiques (18h)
  6. Bioinformatique intégrative
    (R, CytoScape) (18h)
  7. Projet tutoré sur plateforme IFB (128h)
Nombre maximum d’inscrits 15 15
Stage sur plateforme non Projet tutoré de 20 jours avec l’une des plateformes de l’IFB
Projet d’analyse sur des données propres à chaque participant (**) Projet personnel d’analyse de de données omiques Conception et mise en oeuvre d’un workflow de bioinformatique intégrative
Evaluation des projets Conception d’un poster et présentation devant un  jury Soutenance orale devant un jury interdisciplinaire
Pages internet dédiées
Date limite de candidature 15 juin 1er novembre (année n-1)

Remarques
(*) L’objectif de ces formations est d’acquérir des compétences de base et une première expérience en analyse de données omiques. Elles ne sont pas pour autant suffisantes à elles seules pour devenir bioinformaticien.
(**) Les projets d’analyse de données ont pour objet de concevoir un plan d’analyse, le mettre en oeuvre, interpréter les premiers résultats, mais ne suffisent pas à produire un résultat finalisé.