Bioinformatique, l’outil informatique des biologistes

Résumé de la formation

Cette formation est destinée à donner un aperçu concret de l’outil informatique dans le domaine de la biologie moléculaire, en particulier pour l’utilisation des bases de données et l’identification de caractéristiques biologiques simples.

La deuxième partie de la formation fournira des connaissances bio-informatiques théoriques pour pouvoir mieux manipuler les programmes les plus utilisés, savoir notamment maîtriser le paramétrage et l’exploitation des résultats dans les programmes de comparaisons de séquences.

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Programme

Première partie 

• Présentation des outils d’analyse de séquences.
• Manipulation des programmes : exemples, pièges à éviter
• Manipulation de programmes simples (carte de restriction, parties codantes…).
• Principales bases de données de séquences biologiques, Bases généralistes. Bases spécialisées.
• Modes de consultation des bases (Entrez, ENA…).
• Manipulation de programmes plus complexes (recherche de motifs ou de signaux, recherche de similitudes entre séquences…). 

Deuxième partie

• Principales méthodes présentes dans les programmes de comparaison de séquences : Recherche d’identité. Recherche de similitude. Recherche d’alignement.
• Comparaisons entre deux séquences.
• Comparaisons entre une séquence et une base de données :  les programmes standards FASTA et BLAST.
• Estimation des résultats obtenus
• Disponibilité des programmes sur le réseau Internet.
• Exploitation biologique des résultats

Formateurs et formatrices

Christian Fondrat

Informations pratiques

• Email (contact pédagogique) : christian.fondrat@u-paris.fr
• Dates prévisionnelles : Première session : jeudi 21 et vendredi 22 novembre 2024 de 9H à 17H30 (SESSION ANNULEE)  OU Deuxième session : jeudi 27 et vendredi 28 mars 2025

• Lieu : Université Paris Cité – Campus Saint-Germain 45 rue des Saints-Pères – 75006 PARIS – Salle Escaig porte 714G dans l’espace BOURGERY au 7iéme étage du bâtiment 
• Durée : 2 jours/ 15h
• Pré-requis : sans compétences préliminaires en informatique sinon l’utilisation basique d’un ordinateur
• Public visé : Doctorants des écoles doctorales en biologie
• Effectif maximum : 12