La Graduate School Ingénierie biomédicale organise deux master classes, les 11 mai et 12 juin 2023, ouvertes aux doctorantes et doctorants, chercheures et chercheurs, ingénieures et ingénieurs du monde universitaire et de l’industrie.

Ces 2 jours sont axés sur la biologie systémique computationnelle et la science des réseaux en biologie et visent à introduire ces sujets par une formation pratique.
Intervenante
Karine AUDOUZE, professeure de biologie des systèmes et de bio-informatique à l’Université Paris Cité en France. Elle travaille à l’Unité Inserm 1124, où elle a fondé le groupe SysTox (https://systox.u-paris-sciences.fr/) en 2018, qui vise à développer des outils et modèles computationnels avancés avec un focus sur la toxicologie pour avoir une meilleure compréhension de l’effet de l’exposome sur la santé humaine.
Le programme
11 mai 2023 : [Master Classe] Méthodes pratiques en biologie systémique computationnelle
Vous souhaitez combiner les mathématiques, la biologie et la science des données pour relever les défis de la santé humaine ? La master classe en biologie systémique computationnelle, qui est au cœur de la recherche moderne en biologie et en santé (médecine personnalisée, toxicologie…) vous permet d’acquérir les compétences nécessaires pour produire une recherche efficace en bioinformatique et en biologie computationnelle.
Objectifs pédagogiques
- Découvrir les principales théories et principes de la biologie des systèmes ;
- Vous familiariser avec les différents outils et méthodes utilisés en biologie systémique pour l’interprétation des données et la formulation d’hypothèses en science biologique ;
- Acquérir une expérience pratique dans la conception de modèles pour mieux comprendre les problèmes biologiques, les interactions entre les différentes entités des systèmes vivants et l’environnement ;
- Acquérir des compétences en analyse de données.
Problématiques abordées
- Théorie et principes de la biologie des systèmes
- Formation de base aux méthodes et outils
- Sessions pratiques sur des problèmes biologiques
INTERVENANTE
Karine AUDOUZE, professeure de biologie des systèmes et de bio-informatique à l’Université Paris Cité en France. Elle travaille à l’Unité Inserm 1124, où elle a fondé le groupe SysTox (https://systox.u-paris-sciences.fr/) en 2018, qui vise à développer des outils et modèles computationnels avancés avec un focus sur la toxicologie pour avoir une meilleure compréhension de l’effet de l’exposome sur la santé humaine.
Programme détaillé
9:30 |
Accueil et café |
9:45 |
Introduction et vue d’ensemble Présentation de l’objectif et de la structure du cours, des attentes et des antécédents des participants. |
10:00 |
Conférence : Introduction à la biologie des systèmes Motivation, théories, examen des pratiques |
11:00 |
Pause |
11:30 |
Workshop: Analyse d’enrichissement fonctionnel Introduction à l’analyse de surreprésentation (ORA) et à l’analyse d’enrichissement des ensembles de gènes (GSEA). Avec mise en pratique sur des données transcriptomiques. |
13:00 |
Déjeuner libre à votre charge |
14:00 |
Travaux pratiques : Bases de données biologiques Familiarisation avec les bases de données |
15:15 |
Pause |
15:45 |
Travaux pratiques : Modélisation intégrative Introduction aux bases de la biologie intégrative des systèmes. |
17:00 |
Fin de la journée |
12 juin 2023 : [Master Class] Formules pour la science des réseaux biologiques
Vous souhaitez développer des modèles informatiques pour visualiser et interpréter des données biologiques volumineuses ? Suivez cette master classe en science des réseaux qui se concentre sur l’étude de modèles biologiques interactifs. Vous acquerrez les compétences nécessaires pour développer des réseaux complexes représentés par des nœuds et des connexions entre entités biologiques.
Objectifs pédagogiques
- Apprendre les principales théories et principes de l’utilisation de la théorie des graphes en biologie ;
- Vous familiariser avec la science des réseaux ;
- Acquérir des expériences pratiques dans les statistiques nécessaires pour comprendre les réseaux ;
- Acquérir des compétences dans la création de modèles basés sur les réseaux qui permettent la visualisation, la prédiction et la conception d’études de flux.
Problématiques abordées
- Science des réseaux, théorie des graphes et principes ;
- Formation de base aux méthodes et outils ;
- Sessions pratiques sur des problèmes biologiques.
Programme détaillé
9:30 |
Accueil et café |
9:45 |
Introduction et vue d’ensemble Présentation de l’objectif et de la structure du cours, des attentes et des antécédents des participants. |
10:00 |
Conférence : Introduction à la science des réseaux Motivation, théories, pratique |
11:00 |
Pause |
11:30 |
Workshop: Topologie et statistiques des réseaux Introduction à l’outil Cytoscape pour créer, visualiser et analyser les réseaux biologiques. Avec pratique sur Cytoscape |
13:00 |
Déjeuner libre à votre charge |
14:00 |
Travaux pratiques : Réseau de maladies humaines Apprenez à extraire des réseaux significatifs d’un grand ensemble de données : pratiquez avec des données d’interactions protéine-protéine humaines (PPI) en utilisant des méthodes d’extraction virtuelles. |
15:15 |
Pause |
15:45 |
Travaux pratiques : Regroupement de réseaux Trouver des grappes étroitement connectées dans de grands réseaux. |
17:00 |
Fin de la journée |
Les deux masterclasses sont indépendantes, mais vous pouvez assister aux deux sessions.
L’inscription est obligatoire et le nombre de places est limité à 20.
Liens d’inscription et dates limites :
Première Master class : 9 mai 2023
Deuxième Master class : 8 juin 2023
Coût de la Master Class
- 500€ par jour
- Gratuit pour les doctorants et le personnel d’Université Paris Cité
À lire aussi

Retour sur la présentation des appels européens du Cluster 6 : Alimentation, bioéconomie, ressources naturelles, agriculture et environnement
Le 14 octobre 2025 matin s’est tenue dans la Salle du Sénat sur le site Odéon de l’Université Paris Cité, la session d’information sur le Cluster 6 : Alimentation, bioéconomie, ressources naturelles, agriculture et environnement. Ce séminaire, organisé par le Réseau...
lire plus
L’Université Paris Cité félicite les 11 lauréates du Prix Jeunes Talents France l’Oréal – UNESCO
La Fondation L’Oréal, en partenariat avec l’Académie des sciences et la Commission nationale française pour l’UNESCO, a dévoilé le palmarès du Prix "Jeunes Talents France 2025 L’Oréal-UNESCO Pour les Femmes et la Science". L’Université Paris Cité félicite ses 11...
lire plus
L’impact favorable du peau à peau sur le devenir neurocognitif de l’enfant né prématuré
Une étude de cohorte menée par l’Université Paris Cité, l’Inserm, INRAE et l’Université Sorbonne Paris Nord, en collaboration avec le CHRU de Tours et le CHI de Créteil, a permis d’évaluer les effets à long terme du contact peau à peau chez des enfants nés extrêmement...
lire plus
Ma Thèse en 180s : les inscriptions sont ouvertes pour l’édition 2026
Université Paris Cité participe à la 13e édition du concours international de pays francophones Ma thèse en 180 secondes.Tous les doctorants, doctorantes et jeunes docteurs des établissements membres de l’Alliance Sorbonne Paris Cité (ASPC) peuvent candidater.Les...
lire plus