Santés humaine, animale et environnementale : la résistance bactérienne aux antibiotiques ne connaît pas de frontières

Dans une toute récente étude, co-dirigée par le Professeur Laurence Armand-Lefèvre de l’unité Infection, Antimicrobials, Modelling, Evolution (Université Paris Cité-Inserm), le Docteur Florence Pradel (Fondation Mérieux) et le Professeur Luc Samison (Centre d’Infectiologie Charles Mérieux de Madagascar), et avec la participation active des équipes du RESAMAD, les chercheurs ont mis au jour de nouvelles informations essentielles sur la dynamique de transmission d’Escherichia coli producteurs de bêta-lactamase à spectre étendu à Madagascar. Cette collaboration fructueuse s’est appuyée sur le protocole Tricycle, mis au point par l’OMS, permettant une approche « One Health » intégrant les secteurs humain, animal et environnemental pour la surveillance de la résistance aux antibiotiques. Ces résultats ont été publiés dans The Lancet Microbe.

La résistance aux antibiotiques, auparavant surtout étudiée sous l’angle de la santé humaine, est aujourd’hui reconnue comme un problème global touchant également la santé animale et environnementale. Il est désormais essentiel d’adopter une approche  » One Health  » (une seule santé) pour la surveillance de la résistance aux antibiotiques, intégrant les secteurs humain, animal et environnemental.

Dans ce contexte, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a développé le protocole Tricycle pour surveiller la résistance aux antibiotiques dans les trois secteurs clés : Homme, animal, environnement.

L’équipe de recherche, co-dirigée par le Pr L. Armand-Lefevre, le Dr F. Pradel et le Pr Samison, a utilisé ce protocole intégré et multisectoriel pour étudier la circulation selon une approche One Health des Escherichia coli producteurs de bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE). 

Pourquoi Escherichia coli ? Parce que c’est une bactérie ubiquitaire qui vit dans le tube digestif de l’Homme et de l’animal et qui est très répandue dans l’environnement. Parce qu’elle est également la première bactérie responsable d’infection chez l’Homme (infections urinaires, bactériémies, diarrhées) et la première cause de mortalité liée à la résistance aux antibiotiques. Enfin, les E. coli producteurs de BLSE sont les bactéries multirésistantes les plus répandues dans le monde. E. coli est donc le candidat idéal pour un protocole d’étude One Health.

Les Escherichia coli producteurs de bêta-lactamase à spectre étendu étant très présentes en Afrique, l’équipe de recherche a choisi de mettre en œuvre ce protocole, dans une perspective One Health, à Madagascar. Cette étude constitue la première analyse complète de la mise en œuvre du protocole Tricycle de l’OMS.

Le protocole Tricycle de l’OMS est un protocole intégré et multi sectoriel qui se base sur un seul indicateur clé par secteur. Pour l’Homme, le protocole prévoit d’étudier la prévalence du portage digestif d’E. coli BLSE chez les femmes enceintes, représentant ainsi la communauté humaine, et leur prévalence dans les bactériémies (infections du sang) pour refléter la résistance d’E. coli aux traitements dans les infections. Pour l’animal, c’est le poulet, animal le plus consommé dans le monde, qui a été choisi comme indicateur. Concernant l’environnement, l’eau a été utilisée comme indicateur naturel, indicateur qui est observé en quatre points : en amont et en aval du fleuve traversant la ville où est conduite l’étude, ainsi qu’un point d’eaux usées indiquant la contamination par l’activité humaine et un point d’effluent des abattoirs permettant de suivre la contamination par la filière animale. Ce protocole, simple et standardisé, permet sa mise en œuvre dans les pays à faible revenus et l’obtention de résultats comparables à l’échelle internationale.

Deux observations principales émergent de cette étude. La première, c’est une prévalence élevée d’E. coli BLSE chez l’Homme (30% chez les femmes enceintes et 39 % dans les bactériémies), 57% chez les poulets et 100% dans l’environnement. Ces résultats soulignent l’importance d’une surveillance continue.

La seconde observation met en évidence une circulation importante, à la fois, des souches d’E. coli BLSE mais également des plasmides, petits morceaux d’ADN circulaires extra-chromosomiques de la bactérie qui lui confèrent sa résistance aux antibiotiques et qui se propagent de bactérie en bactérie, expliquant la dissémination de la résistance. Phénomène inquiétant, plus de la moitié des souches ont stabilisé leur gène de résistance en les faisant sauter du plasmide au chromosome.

Ces résultats fournissent des informations essentielles sur la dynamique de transmission des E. coli BLSE. Ils mettent en lumière la nécessité, pour lutter contre la résistance aux antibiotiques, de poursuivre les efforts sur la bonne utilisation des antibiotiques mais en y associant des mesures permettant de bloquer les voies de transmission de la résistance.

Cette étude pivot, souligne la force de la collaboration entre le Centre d’Infectiologie Charles Mérieux de Madagascar (CICM), le réseau de laboratoires hospitaliers RESAMAD, la Fondation Mérieux, l’unité de recherche Infection, Antimicrobials, Modelling, Evolution (Université Paris Cité-Inserm) ainsi que l’OMS.

Référence

Implementation of the WHO Tricycle protocol for surveillance of extended-spectrum β-lactamase producing Escherichia coli in humans, chickens, and the environment in Madagascar: a prospective genomic epidemiology study

The Lancet Microbe