Olivier Taboureau, professeur de bioinformatique et de biostatistique à Université Paris Cité, a accueilli Juan Fernandez-Recio, expert en bioinformatique structurelle et scientifique de renommée internationale, du Conseil national de la recherche espagnol basé à Logrono, en Espagne. Ensemble, ils collaborent à la modélisation de l’interaction entre la protéine de pointe Sars-Cov-2 et le TMPRSS2 comme point d’entrée dans les cellules hôtes humaines. Découvrez leur projet de recherche.

© Olivier Taboureau et Juan Fernandez-Recio

Les professeurs Taboureau et Fernandez-Recio sont le deuxième duo de chercheurs dans une série d’entretiens réalisés dans le cadre du programme de chercheurs invités internationaux lancé en janvier 2022.

Ils ont pris le temps de nous parler de leur collaboration, de l’implication des étudiants et de leurs objectifs pour étendre leur projet au-delà de 2022. 

C’est la première fois depuis la pandémie mondiale que les deux chercheurs ont pu mener leurs travaux en présentiel. Olivier Taboureau et Juan Fernandez-Recio se connaissent très bien. Olivier a profité de l’occasion pour réinviter Juan, car c’est un excellent moyen de combiner leurs méthodologies sur différentes études de recherche. Les étudiants et les étudiantes en bénéficient, car cela permet également à Juan d’enseigner ses outils dans le cadre du programme de master ISDD. Le groupe d’Olivier Taboureau a développé des ressources de pharmacologie systémique et de chimiogénomique, telles que ChemProt, qui sont complémentaires aux méthodes d’arrimage informatique développées par Juan Fernandez-Recio et son équipe.

La recherche à la découverte de traitements contre le SARS-Cov-2

Le principal sujet de recherche sur lequel Olivier Taboureau et Juan Fernandez-Recio se concentrent dans leur projet est la modélisation de l’interaction entre la protéine spike du SARS-Cov-2 et le TMPRSS2 des cellules hôtes. Ils étudient l’impact des mutations génétiques de type SNP sur le développement des maladies métaboliques et récemment sur les récepteurs COVID-19 tels que ACE2 et TMPRSS2. TMPRSS2 est une sérine protéase transmembranaire qui est impliquée dans l’entrée et la propagation virale des coronavirus dont le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2). C’est ce virus qui est à l’origine du Covid-19. Le blocage du complexe formé par la pointe du virus et la protéase de la cellule humaine pourrait constituer un traitement clinique efficace contre le Covid-19. L’objectif est d’identifier de petites molécules qui pourraient inhiber cette interaction.

Comment les étudiants des masters ISDD et Bioinformatique contribuent-ils au projet ?

« Nous menons notre projet de recherche avec l’aide d’un stagiaire du master Bioinformatique, spécialité ISDD (In Silico Drug Design). Hocine El Khaoudi est notre étudiant qui modélise déjà ce système. Le stage dure de deux à six mois en fonction de leur niveau. Les étudiants et étudiantes reçoivent une gratification et des crédits ECTS pendant leur stage dans le cadre de la collaboration. Ils sont également cités lorsqu’une publication est réalisée. C’est une bonne occasion d’être en contact avec les étudiants, d’acquérir une expertise et d’apprendre d’eux », selon Olivier Taboureau.

Avez-vous des conseils à donner à vos étudiants et étudiantes ?

« L’internationalisation des enseignements du parcours ISDD est importante pour les étudiants. Nous leur offrons de réelles opportunités et notamment la possibilité d’améliorer leur réseau de collaboration et de recherche. C’est ce que nous aimons dans ce type de collaboration avec Juan. Les étudiants réalisent qu’ils font partie de la recherche et contribuent à la découverte. » explique Olivier Taboureau.

« J’ai participé à de nombreuses conférences et je connais des étudiants qui, des années plus tard, ont conservé un intérêt pour mon domaine, le docking des protéines. Je suis très heureux que certains d’entre eux adoptent ces méthodologies dans leur carrière. Il est important que les jeunes scientifiques puissent être exposés à différentes approches en langue anglaise. Nos élèves apprennent de nous et nous apprenons d’eux tous les jours », ajoute Juan Fernandez-Recio.

Quelles sont les prochaines étapes ?

« Nous allons poursuivre notre collaboration au cours des prochains mois, avec le soutien de l’étudiant, et dans un avenir proche, nous espérons demander de nouvelles subventions et étendre le projet à de nouveaux groupes. Nous prévoyons de faire revenir Juan l’année prochaine. Il organise également des conférences, c’est un bon moyen de créer des synergies. Les étudiants découvrent son domaine, son expertise et travaillent avec les outils qu’il développe. Il y a donc deux contributions de la part de Juan, et par conséquent nous sommes doublement heureux ! Nous espérons pouvoir publier nos travaux dans une revue scientifique internationale et renforcer la collaboration entre nos deux laboratoires de recherche », déclare Olivier Taboureau.

 À propos de

 

Juan Fernandez-Recio est un scientifique chevronné du Conseil national de la recherche espagnol (Consejo Superior de Investigaciones Científicas – CSIC) basé à l’Instituto de Ciencias de la Vid y del Vino (ICVV) à Logrono, en Espagne, où il est entré en 2017. Il est le chef d’un groupe de recherche en bioinformatique structurelle et a développé des outils informatiques innovants pour prédire les interactions protéine-protéine tels que ICM-DISCO ou pyDock avec des descripteurs de désolvatation intégrés dans d’autres programmes de docking renommés tels que HADDOCK. Ses recherches portent sur le développement de méthodes computationnelles pour la modélisation structurelle des protéines et de leurs interactions afin d’aider à comprendre la fonction des protéines au niveau moléculaire, avec des applications aux problèmes biologiques, à la santé humaine, à la découverte de médicaments, aux nutrigénomimiques et aux processus biotechnologiques. Au cours de sa carrière, il a reçu de nombreuses subventions prestigieuses, notamment une bourse post-doctorale Marie Curie et une subvention de l’ERG. Le Dr Fernandez-Recio a publié plus de 130 articles dans des revues scientifiques internationales reconnues, notamment Nature, PNAS, JACS, J. Biol.

 

Olivier Taboureau est Professeur à Université Paris Cité, Faculté des Sciences, Département SDV, Sciences du Vivant. Il mène ses recherches au laboratoire BFA, Unité de Biologie Fonctionnelle et Adaptative, CNRS UMR 8251.  L’unité BFA mène des recherches en biologie intégrative. Les thèmes de recherche de l’unité BFA visent à comprendre les mécanismes biologiques qui sous-tendent l’adaptation de l’homme à des perturbations environnementales et/ou internes (apports endocriniens, métaboliques ou génétiques) dans des contextes physiologiques ou physiopathologiques. La plus récente publication conjointe du Dr Taboureau, intitulée « Pulmonary administration of remdesivir in the treatment of COVID-19 » suggère que l’administration intraveineuse de rémdesivir est peu susceptible de produire des concentrations suffisamment élevées de son agent antiviral actif, le nucléoside triphosphate (Nuc-TP), dans les poumons humains pour éliminer efficacement le SRAS-CoV-2.

 

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